Die ersten Sequenzdaten von Brust-, Leber- und Bauchspeicheldrüsentumoren stehen bereits auf der Internetseite des ICGC (www.icgc.org, siehe Link rechts oben) zur Verfügung. Sie wurden von den Projektpartnern in Großbritannien, Japan, Australien und Kanada geliefert. Die Deutschen Projektpartner untersuchen kindliche Hirntumoren, erste Ergebnisse wollen sie auf der nächsten Konferenz des ICGC im Dezember in Brisbane vorstellen. "Wir haben erst zu Beginn dieses Jahres unsere Arbeit am internationalen Krebsgenomprojekt aufnehmen können", erklärt Professor Peter Lichter vom Deutschen Krebsforschungszentrum. "Doch wir arbeiten bereits mit Hochdruck, um recht bald vergleichbare Daten vorstellen zu können", zeigt sich der Sprecher des deutschen Projekts des ICGC optimistisch.

Schon bald könnten sich die Informationen aus den verschiedenen Projekten für die Krebspatienten weltweit als segensreich zeigen: Denn die Daten werden frei zugänglich und nicht patentierbar sein. Damit will das internationale Projekt sicherstellen, dass die molekularen Daten der verschiedenen Tumorarten so schnell wie möglich für neue Diagnoseverfahren oder Therapien genutzt werden können. "Wir möchten am Nationalen Centrum für Tumorerkrankungen in Heidelberg schon in fünf Jahren jedem Krebspatienten eine genetische Analyse seines Tumors anbieten", sagt Professor Otmar D. Wiestler, Vorstandsvorsitzender des Deutschen Krebsforschungszentrums. "Die Daten aus dem Internationalen Krebsgenomprojekt werden uns dabei helfen, krebsrelevante Gene bei jedem Patienten zu identifizieren und für die bestmögliche Therapie zu nutzen."

Eine besondere Herausforderung stellt die Analyse und Speicherung der unvorstellbaren Datenmengen dar, die im Laufe des internationalen Krebsgenomprojektes erzeugt werden. Das Erbgut einer Zelle ist aus rund drei Milliarden Bausteinen zusammengesetzt, die bei den verschiedenen Analysen bis zu 30-fach erfasst werden, um die Qualität der Ergebnisse abzusichern. Alle Daten der deutschen ICGC-Projekte laufen bei Professor Roland Eils, dem stellvertretenden Sprecher des Verbunds, zusammen. Eils, der am Deutschen Krebsforschungszentrum die Abteilung Theoretische Bioinformatik leitet, baut dazu am BioQuant-Zentrum der Universität Heidelberg eine der weltweit größten Datenspeichereinheiten für die Lebenswissenschaften auf. "Aktuell haben wir bereits 600 Terabyte an Datenspeicher in Betrieb genommen, die für die Speicherung der Genomsequenzen von etwa 100 Patienten ausreicht", rechnet Eils vor. "Unsere Speicherkapazität wird im Laufe des Jahres auf zwei Petabyte erweitert werden, um dann im nächsten Jahr mit der zunächst letzten Ausbaustufe auf sechs Petabyte anzusteigen." Zum Vergleich: Ein Laptop hat ungefähr 80 Gigabyte Speicherkapazität, ein Petabyte sind eine Million Gigabyte.

Finanziert wird der deutsche Beitrag zum Internationalen Krebsgenomprojekt gemeinsam vom Bundesministerium für Bildung und Forschung (BMBF) sowie der Deutschen Krebshilfe e.V. mit rund 15 Millionen Euro.
Quelle: Deutsches Krebsforschungszentrum 15.04.2010

GATC Biotech wird Proben aus Hirntumoren von Kindern für das weltweit größte Forschungsvorhaben zur Klärung von Krebserkrankungen sequenzieren. GATC Biotech sequenziert Genome aus Tumorgeweben sowie den entsprechenden Kontrollen aus gesundem Gewebe derselben Patienten. Es werden Sequenziertechnologien von Illumina Inc. eingesetzt, u.a. der neue Illumina HiSeq 2000. Dieses Geraet ist mit bis zu 200 Gigabasen pro Lauf das derzeit effizienteste Sequenziersystem. Fuer eine zuverlaessige Datenauswertung werden die kompletten Genome mit einer 30-fachen Coverage sequenziert.

Die Daten werden im Herbst 2010 an das DKFZ geliefert. Das Auftragsvolumen beträgt Euro 750.000. "GATC Biotech war bereits in der Pilotphase des Projekts ein zuverlässiger Sequenzierpartner, so dass wir die erfolgreiche Zusammenarbeit jetzt fortsetzen," kommentiert Professor Peter Lichter, Projektleiter und Sprecher des deutschen ICGC-Verbunds. "Wir sind uns über die Bedeutung dieses Projekts und der Verantwortung absolut im klaren. Wir sind sehr stolz, das DKFZ im Rahmen des PedBrainTumor-Projektes unterstützen zu dürfen," sagt Peter Pohl, CEO der GATC Biotech.