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Insilico Biotechnology nutzt Supercomputer "Hermit" für Modellierung und Simulation

"Hermit" ist Europas schnellster ziviler Rechner. Insilico-Biotechnologie hat Rechner-Kapazitäten von „Hermit“ gebucht und kann disese nun für Modellierungen und Simulationen einsetzen. Die enorme Verkürzung der Rechenzeit ermöglicht Stoffwechselvorhersagen über mehrere Größenordnungen hinweg. So können in Zukunft skalenübergreifend von der Zell- bis zur Organebene Vorhersagen zur toxikologischen Wirkung von Medikamenten getroffen werden.

Im Februar 2012 wurde am HLRS, dem Höchstleistungsrechenzentrum in Stuttgart, der neue Supercomputer „Hermit“ in Betrieb genommen. Dieser Anlass war auch Bundesforschungsministerin Prof. Dr. Annette Schavan und Baden-Württembergs Ministerpräsidenten Winfried Kretschmann einen Besuch wert. Sie betonten, wie wichtig der Superrechner aus dem Hause Cray für den Forschungs- und Industriestandort Deutschland und Baden-Württemberg sei.
Mit Hermit stoßen das HLRS und seine Partner wie die Insilico Biotechnology AG in die Petaflop-Rechenklasse vor: Der neue Rechner kann mehr als ein Petaflop, also eine Billiarde Rechenoperationen pro Sekunde, ausführen. Damit dürfte der mit dem englischen Begriff für Eremit belegte Rechner wohl alles andere als ein Einsiedlerdasein führen. In Forschung und Industrie ist Hermit gleichermaßen begehrt – umso mehr freut sich Insilico, dass das Unternehmen Rechenleistung auf dem Supercomputer buchen konnte.

Hermit ermöglicht gleichzeitige Simulation vieler Zellen

Insilico Biotechnology hebt damit vor allem seine Simulationen zu neuartigen Ganzkörpermodellen auf ein neues Level: Nun kann schnell und zuverlässig vorhergesagt werden, welche Stoffwechsel-Veränderungen durch Zugabe bestimmter Substanzen zu erwarten sind.

Davon profitieren zum Beispiel Insilico-Kunden, die toxikologische Vorhersagen zu therapeutischen Wirkstoffen benötigen. „Die neuartigen Ganzkörpermodelle verarbeiten genomische Daten sowohl auf zellulärer Ebene als auch auf Organebene und zeichnen sich durch eine hohe Komplexität aus. Der neue Rechner ist durch seine massiv parallele Architektur ideal für die gleichzeitige Simulation vieler Zellen geeignet“, freut sich Insilico-Vorstand Klaus Mauch über die Erweiterung der virtuellen Möglichkeiten.

Insilico plant die Nutzung der neuen Anlage auch zum Ausgleich von Lastspitzen bei der Simulation von Bioprozessen, sofern eigene Rechenkapazitäten nicht mehr ausreichen. „Im Vergleich zu den bisher genutzten Anlagen erwarten wir eine Verkürzung der Rechenzeit um mehr als eine Größenordnung“, sagt Mauch und will dieses Plus so breit wie möglich für seine Dienstleistungen nutzen.

Dank seiner energieeffizienten Infrastruktur ist der Supercomputer übrigens auch ökologisch ein Vorbild. In einem weiteren Ausbauschritt im kommenden Jahr soll der Rechenkapazität noch eins draufgesetzt werden: Die Rechenleistung soll dann um weitere vier bis fünf Petaflop pro Sekunde gesteigert werden – eine Mehrleistung, die auch Insilico und seinen Kunden zugute kommen wird.
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